A equipe do Comercial é um dos cinco clubes brasileiros que foram punidos pela CBF (Confederação Brasileira de Futebol) por causa da não quitação de dívidas com o STJD (Superior Tribunal de Justiça Desportiva). O clube então está impedido de participar de competições nacionais e até de inscrever jogadores.

Segundo o Globoesporte.com, além do colorado sul-mato-grossense, os times suspensos são: Asa de Arapiraca (AL), Guaratinguetá (SP), Joinville (SC), Parnayba (PI) e Pinheirense (PA).  As sanções são referentes às multas aplicadas pelo judiciário esportivo. Segundo a reportagem, assim que os clubes pagarem as suas dívidas, a sanção é anulada.

O Comercial neste ano de 2017 tem vaga já garantida na Copa do Brasil e no Campeonato Brasileiro da série D. Caso não consiga pagar essa dívida a tempo, a vaga vai para o terceiro colocado do Estadual, que seria o Operário, que disputará apenas a Copa Verde.